滴灌施肥时，应先滴水，管道满水后再施肥。水肥一体机施肥结束后，及时滴水20-30分钟，将管道内残留的肥料液排干。如果其他的植物没有被冲洗，水藻可能会在排放管上生长。在雨季，土壤不缺水，因此需要较快的施肥。施肥后尽量在半小时内完成，不滴水。主要氮肥是铵态氮，而不是尿素和硝态氮。

　　温室或大棚长期应用滴灌，会导致地表盐分积累，影响根系生长。膜下滴灌可以用来阻止盐分向地表的迁移。

　　注意施肥的均匀性。原则上，施肥越慢越好。对土壤中迁移性差的元素（如磷），增加施肥时间可以大大增加其利用率。建议旱季滴灌应在2～3小时内完成。土壤不缺水，在保持均匀性的前提下，越快越好。

　　不要过度灌溉。一般情况下，它可以保持根层的深度湿润。根层深度因作物而异。可以用铁锹挖土，了解根层的具体深度。水肥一体机的过度灌溉不但浪费水资源，还会使根部以下的养分流失，浪费肥料，减小作物产量。比如是尿素和硝态氮肥（如硝酸钾、硝酸铵钙、硝酸磷肥、含硝态氮的水溶性肥料）极易随水流失。

　　灌溉水质。了解灌溉水的硬度和pH值，以避开降水和降低肥料利用率。如果灌溉水的pH值高于7，说明水是碱性的，可能导致水溶性肥料中铵态氮的挥发损失。国外的做法是在灌溉水中溶解定量的硫酸，并将水调成微酸。如果水硬度高，钙镁含量高，水呈碱性，施用水溶性磷肥时可能会产生磷酸钙沉淀。这种降水不能被过滤器过滤掉，也不便于肉眼观察。细小的降水颗粒通过过滤器进入滴灌管道，在滴头流道中缓慢沉积，并积累到某些程度，堵塞滴头。这是许多盐碱土地区滴头堵塞的原因之一。同时，磷肥沉淀也是减小磷肥在水溶性肥料中作用的重要原因。针对这种情况，水肥一体机建议使用酸性肥料，如磷酸脲、硫酸脲、酸性水溶性肥料等。